Zahlreiche schriftstellerische Arbeiten entstanden in seinen fünf Frankfurter Jahren. Belletristische Werke, Schriften zur Geschichte und Ästhetik sowie publizistische Beiträge kennzeichneten seine Tätigkeit. Die Romane „Die schwarzen Brüder“, „Die Männer der Finsternis“ sowie drei Dramen, darunter „Abällino“ entstanden in der Oderstadt. Am 04.05.1795 wurde Z. Mitglied der „Königlichen Gesellschaft der Wissenschaften und Künste“ in Frankfurt (Oder). Durch seine belletristischen Arbeiten belebte er Frankfurts Buchdruck. Neben Studium und Dozentur führte der Aufenthalt in Frankfurt (Oder) zu einer reichhaltigen literarischen Ausbeute. Dem revolutionsbegeisterten Z. blieb eine Viadrina-Professur versagt, was ihn in die Schweiz führte, wo er sich 1796 niederließ. Z. leitete zunächst ein Philanthropin in Reichenau, trat 1798 in den Dienst der helvetischen Regierung, ging 1802 nach Aarau, wurde dort Oberforst- und Bergrat, war 1815-41 Mitglied des Großen Rats und gehörte 1831 dem Verfassungsrat an, ehe er aargauischer Tagsatzungsbeamter wurde. Interessant ist sein Kontakt zu Heinrich von Kleist (Kleiststraße). So wurde Zschokkes Haus auf der Aare-Insel zur Geburtsstätte des Lustspiels „Der zerbrochene Krug“, zu dem der Dichter durch einen alten Kupferstich, der sich in Zschokkes Besitz befand, angeregt wurde. Z. war Publizist und gab mehrere Zeitschriften heraus. Mit seinen Dramen, Romanen und Novellen wurde Z. ein Wegbereiter des Realismus in der Schweiz. Er veröffentlichte historische Schriften sowie eine Reihe von Volksschriften. 1798-1837 Herausgeber der volkserzieherischen freisinnigen Wochenschrift „Der Schweizerbote“, schrieb als Freimaurer „Stunden der Andacht“ (6 Bände, 1809–16); realistischer Erzähler: „Abällino, der große Bandit“ (1793); „Das Goldmacherdorf“ (1817); „Die Branntweinpest“ (1837) – Gesammelte Schriften (36 Bände); Sämtliche Novellen (12 Bände).